Mikroskooppi on yksi ihmiskunnan suurimmista keksinnöistä. Ennen keksintöä ihmisten käsitykset ympäröivästä maailmasta rajoittuivat paljain silmin käyttämiseen tai linssien pitämiseen paljaalla silmällä näkemisen helpottamiseksi.
Mikroskoopit ovat avanneet täysin uuden maailman ihmisen näkönäössä, ja ne ovat nähneet ensimmäistä kertaa satojen "uusien" pienten eläinten ja kasvien sisäisen toiminnan ihmiskehoista kasvikuituihin. Mikroskooppi auttaa myös tutkijoita löytämään uusia lajeja ja auttaa lääkäreitä hoitamaan sairauksia.
Ensimmäiset mikroskoopit valmistettiin Alankomaissa 1500-luvun lopulla. Keksijät olivat Yas Jensen, hollantilainen optikko tai toinen hollantilainen tiedemies Hans Lipsch, joka teki yksinkertaisia mikroskooppeja kahdella linssillä, mutta ei tehnyt mitään tärkeitä havaintoja näillä instrumenteilla.
Kaksi ihmistä alkoi myöhemmin käyttää mikroskooppeja tieteessä. Ensimmäinen oli italialainen tiedemies Galileo Galilei. Hän kuvasi ensin hyönteistä mikroskoopilla sen yhdistesilmien jälkeen. Toinen oli hollantilainen pellavakauppias Leeuwenhoek (1632-1723), joka itse oppi teroittamaan linssejä. Ensimmäistä kertaa hän kuvaili monia pieniä kasveja ja eläimiä, joita ei voi nähdä paljaalla silmällä.
Vuonna 1931 Ernst Ruska mullisti biologian kehittämällä elektronimikroskoopin. Tämän ansiosta tutkijat voivat tarkkailla jopa millimetrin miljoonasosia. Vuonna 1986 hänelle myönnettiin Nobel-palkinto.